Logo (sygnet) Księgarni św. Jacka stanowi stylizowany herb Odrowążów. To jeden z polskich herbów szlacheckich. Na tarczy w kolorze czerwonym widnieje godło mające postać srebrnej strzały skierowanej grotem w górę, od połowy wygiętej. Natomiast część nad tarczą przedstawia pióropusz pawi przebity rogaciną (jest powtórzeniem godła z tarczy). Z herbem związana jest legenda, według której rycerz z Moraw, walcząc z poganinem, pozbawił go nosa wraz z wąsami, które potem, nabiwszy na strzałę, prezentował monarsze obserwującemu starcie jako dowód swego zwycięstwa. Na pamiątkę monarcha miał nadać mu przydomek Odrzywąs, które z czasem przybrało formę Odrowąż. Morawskie konotacje herbu potwierdzał Jan Długosz w swoim Insignia seu clenodia incliti Regni Poloniae.
Niektórzy badacze (dr F. Piekosiński) wywodzą rodowód herbu z symboliki skandynawskiej, runicznej. Na jednym z kamieni (z Trawardar, datowanym na V wiek) znajdują się znaki podobne do umieszczonych w herbie – „tyr” i „madr”. Po połączeniu tworzą one godło Odrowąża, a razem symbolizować mogą siłę i wiedzę. Podobnie w swoim Słowniku symboli odczytuje symbol strzały W. Kopaliński ‒ tj. jako znak światła (także w znaczeniu wiedzy) i siły.
Księgarnia św. Jacka, odwołując się do symboliki herbu Odrowążów, wskazuje z jednej strony na postać swojego patrona nazywanego Światłem ze Śląska (Lux ex Silesia), który światłem wiary oświecił serca Polaków, a z drugiej na fakt, że dzięki swojej działalności, a przede wszystkim przez publikację wartościowej literatury, stara się nieść światło wiedzy, przyczyniając się m.in. do podnoszenia poziomu wiedzy religijnej, kształtowania postaw i integrowania społeczeństwa.
Przez wiele lat działalności zmieniała się forma graficzna logo Księgarni św. Jacka, zawsze jednak nawiązywało ono do herbu rodu Odrowążów. Wydawnictwo sygnuje nim publikacje nieprzerwanie od 1946 roku.
W roku 2019 powstała nowa identyfikacja wizualna Księgarni. Projekt nowego znaku nawiązuje formalnie do swojego heraldycznego odpowiednika. Oparcie konstrukcji na bardziej harmonijnych i racjonalnych proporcjach sprawiło, że jest on czytelniejszy. Kolorami przewodnimi stały się czerń i cynober, będące nawiązaniem do najstarszych tradycji drukarstwa oraz tarczy herbowej Odrowążów. Krój pisma został dobrany z uwzględnieniem zarówno aspektów praktycznych, jak i kontekstów historycznych oraz konotacji wynikających z form typograficznych.
